字符编码主要是将字母、数字和其他符号映射成另一种标准形式。通常通过在发送者和接受者之间创造一条消息传递完成。使用简单的术语来说，就是将字节转换为属于不同语言的字符—例如英语，汉语，希腊语或其它任何已知语言。一个常用的早期编码模式是ASCII（美国信息交换标准编码），它使用7位编码字符。现今最常用的编码模式是Unicode UTF8和UTF-16计算机工业标准。
字符编码有另外的用途，更确切的说是误用。它常用于通过嵌入恶意字符串的方法，来进行混淆以绕过输入验证过滤器，或者利用浏览器的功能来显示一个编码模式。
Web应用程序通常使用不同类型的输入过滤机制来限制用户可以提交的输入。如果这些输入过滤器执行得不够好，可能会有一两个字符从这些过滤器中滑过Web应用通常使用不同类型的输入过滤机制来限制用户可以提交的输入。如果这些输入过滤器执行得不够好，可能会有一两个字符从这些过滤器中走漏。例如，字符‘/’在ASCII中可以表示为16进制数2F，而这个字符在Unicode（2字节序列）中则被编码为C0AF。因此，输入过滤控制能识别输入使用的编码模式是非常重要的。如果过滤器被发现是用于查找UTF8编码注入，那么使用一个不同编码模式可能会绕过这个过滤器。
Web浏览器为了连贯的显示一个web界面，必须要能识别使用的编码模式。理论上，这些信息应该通过HTTP头中的Content-Type字段提供给浏览器，以下是一个例子：
Content-Type: text/html; charset=UTF-8
或者使用HTML元标签(“META HTTP-EQUIV”), 如下所示:
<META http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=ISO-8859-1">
通过这些编码声明，浏览器明白了在转换字符时应该使用哪种编码方式。注意：在HTTP头中提到的内容类型要比META标志声明优先级高。
CERT对此做了如下描述(以下为翻译版)：
许多网页没有定义字符编码（HTTP中的"charset"参数）。在早期的HTML和HTTP版本中，如果字符编码没有定义，则默认为ISO-8859-1。实际上，许多浏览器都有自己的默认值，所以不能依赖于默认值一定是ISO-8859-1。HTML第4版规定：如果字符编码没有定义，那么任何字符编码都可以被使用。
如果web服务器没有指定使用的是哪种字符编码，就不能指出哪些字符是特殊的。拥有未指定字符编码网页大多数时候工作正常，因为大多数字符集对于小于128的字节值赋予相同的字符。但哪些值大于128的字符是特殊的呢？一些16位编码模式对于<这样的特殊字符有附加的多字节表示法。一些浏览器能识别这些二义性的编码并对其作出反应。这是“正确的”行为，但它使得使用恶意脚本的攻击更加难以被预防。服务器根本不知道哪些字符序列表示特殊字符集。
因此在没有从服务器接收到字符编码信息的情况下，浏览器或者猜测编码模式或者使用一个默认模式。在某些情况下，用户明确地将浏览器的默认编码设定为另一种不同的模式。任何这种网页（服务器）和浏览器在使用的编码模式上的不匹配都可能会导致浏览器在解释页面时，一定程度上取得不可预料的结果。
下面给出的场景仅仅是众多可以迷惑并绕过输入过滤器的方法中的一部分。同样，编码注入是否成功也要依赖于所使用的浏览器。例如，US-ASCII编码注入以前只在IE浏览器中起作用，而对FireFox无效。因此，我们可以说，编码注入在很大程度上要依赖于特定的浏览器。
例如一个用以保护单引用字符注入的基础输入验证过滤器。在这种情况下，下面的注入将轻易绕过过滤器：
<SCRIPT>alert(String.fromCharCode(88,83,83))</SCRIPT>
Javascript函数String.fromCharCode通过给定的Unicode值来返回相应的字符串。这是一个最基本形式的编码注入。另一个可以使用来绕过过滤器的向量为：
<IMG SRC=javascript:alert(" ;XSS" ;)>
<IMG SRC=javascript:alert(" ;XSS" ;)> (Numeric reference)
上面使用了HTMLEntities来构建注入字符串。HTMLEntities编码用于显示在HTML中拥有特殊含义的字符。例如，>作为一个HTML标示是结束括号。为了直接在页面上显示这个字符，必须在页面中包含HTML字符实体。这种上述注入是一种编码方式。还有其它很多的方式使得一个字符串能通过编码或混淆来绕过以上过滤器。
Hex是Hexadecimal的缩写，这是一个16进制的系统，使用从0到9以及A到F这16个值来表示不同的字符。Hex编码是另一种形式的混淆，即有时用来绕过输入验证过滤器。例如，对字符串
<IMG SRC=javascript:alert('XSS')>的16进制编码为：
<IMG SRC=%6A%61%76%61%73%63%72%69%70%74%3A%61%6C%65%72%74%28%27%58%53%53%27%29>
上述字符串的一个变种如下所示，可以用于在字符%被过滤的地方：
<IMG SRC=javascript:alert('XSS')>
也有其它例如Base64和八进制的编码模式能用于混淆。虽然每种编码模式不可能每次都起作用，一些聪明的反复尝试还是会最终揭露出构建得不好的输入验证过滤器的漏洞。
UTF-7编码的 <SCRIPT>alert(‘XSS’);</SCRIPT> 为：
+ADw-SCRIPT+AD4-alert('XSS');+ADw-/SCRIPT+AD4-
为了使上述脚本工作，浏览器需要使用UTF-7编码来解释网页。
变长编码是另一种使用不定长的代码来编码字符的编码模式。多字节编码是一种使用可变数量的字节数来表示字符的变长编码。多字节编码主要用于对大字符集的字符进行编码，例如汉语，日语和朝鲜语。
多字节编码过去被用来绕过标准输入验证过滤器，执行跨站脚本攻击以及SQL注入攻击。
http://en.wikipedia.org/wiki/Encode_(semiotics)
http://www.cert.org/tech_tips/malicious_code_mitigation.html
http://www.w3schools.com/HTML/html_entities.asp
http://www.iss.net/security_center/advice/Intrusions/2000639/default.htm